首都儿科研究所附属儿童医院输血科，2013年独立为一级科室，为北京市输血协会会员单位。前身为1984年成立的血库，最初归属于检验科。现有工作人员9名，其中高级职称1名，中级职称1名，初级职称7名。拥有西班牙戴安娜全自动血型配血仪、松下贮血冰箱、松下低温冰箱、血小板振荡仪、血浆融化箱等设备。
科室开展ABO正反血型鉴定、Rh(D)血型鉴定、交叉配血、不规则抗体筛查及血小板抗体筛查等试验。已实现血库系统信息化管理。24小时负责全院临床科室医疗急救用血，治疗和手术用血。参与全院疑难用血病例讨论及输血病例临床会诊，指导和监督临床合理用血。负责全院医务人员的临床用血培训及新入职人员岗前用血培训工作。
科室理念：严格执行《医疗机构临床用血管理办法》及《临床输血技术规范》。服务于临床，保障科学、合理、安全用血。