首都儿科研究所附属儿童医院药学部，1983年成立。原名：药剂科，2014年4月更名为药学部。现有副主任药师5名，主管药师34名，药师、药士35名。
药学部是集药品采购、供应、管理、调剂配发、药品质量管理、临床药学服务、用药咨询为一体的综合性部门。设有门诊药房、急诊药房、病房药房、临床药学、药学门诊、用药咨询中心、药品库房。
门急诊药房实行大窗口发药，采用自动化发药机，实现自动化调配药品。 病房药房实行自动化摆药机，实现住院病人口服药品单剂量摆药，临床药师执行医嘱审核，发放药品双人核对。药品库房实行药品全品种、全用量网上采购，全部零差价，严格执行阳光采购。
临床药师出诊药学门诊，深入病区参加查房，监测药品不良反应，开展处方（医嘱）点评，开展用药咨询服务，对患儿及家长进行用药宣教，辅导特殊装置用药，为合理、安全、有效用药保驾护航。
近五年核心期刊文章发表共计21篇，课题研究共计10项。每年承担相关毕业院校的带教实习工作。
“小窗口，大关怀，爱心永传递”是我们的宗旨，药学部全体同仁本着积极进取、严谨求实的原则，竭诚为临床、为患儿服务。