1984年检验科与首都儿科研究所附属儿童医院一同成立；2014年成立临床检验中心，包括临床检验科、委托实验室，是集科研、教学和临床于一身的综合临床型检验医学专科。检验中心专业涉及生化、免疫、临检、微生物、分子五大基础专业和细胞形态学、流式细胞学、蛋白质谱学、代谢组学等亚专业学科，承担300余项检验项目，现有检验、科研、医疗技术人员70余人，临床检验科人员学历层次和专业技术梯队建设完善，有4名检验医师，与临床的交流和沟通及时到位。临床检验中心于2010年10月通过中国合格评定国家认可委员（CNAS）ISO15189初评审，成为全国儿童医院专科医院中最先被认可的4家医学实验室之一。

临床检验中心总占地面积513.28平米，大批精良先进的检测仪器和全自动检测流水线，与完善的实验室信息系统协同实现了准确、快捷的检验全程化管理。中心具备大型先进仪器设备百余台，包括大型全自动生化免疫流水线、化学发光免疫分析仪、特种蛋白、流式细胞仪、全自动自身抗体免疫分析仪、大型全自动血液、尿液及沉渣分析仪、凝血分析仪，大型全自动血培养系统及全自动微生物鉴定药敏分析仪、质谱仪，过敏原检测仪，等等，仪器性能居国内国际先进水平。临床检验中心5个专业组承担的检验项目主要针对儿童疾病特点，覆盖儿科所有专业学科，涉及儿童感染性疾病病原检测、细胞因子、血药浓度等微生物快速诊断和高技术含量项目，通过北京市互认项目188项，京津冀鲁三级医院互认项目35项，为临床精准诊疗、病情评估及疾病预防、合理使用抗生素奠定基础。项目服务时间长、效率高，其中24小时365天检测项目占比超过50%，报告发放时间符合率100%。2010年到2024年临床检验中心连续14年通过CNAS的ISO15189多轮监督评审和复评审，检验项目连续二十年参加国家卫健委和北京市临检中心室间质评，成绩优秀，维持了检验质量管理体系良好运转。  

科室近十年各专业承担各级各类课题研究十余项，完成主研组长PI单位GCP项目4项，与临床合作GCP达27项，获国家新技术发明专利一项，实用新型专利3项。发表核心期刊论著40余篇，SCI收录10篇，编著教材、著作5部。以第一执笔编写专家共识2部，参与编写指南1部和专业共识9部。团队曾获第十一届检验医学论坛“全国检验知识、技能达人大赛”一等奖”，英文论文获“第八届亚洲支原体会议”优秀青年”论文；并在科研课题、案例大赛及论文书写评比中获“杰出贡献奖、“最佳项目参与奖”、案例大赛优秀组织奖、大会发言和壁报展示等。 成功举办北京市和国家级继续教育项目《儿科常见疾病诊疗检验技术新进展》培训班4届，每年完成带教实习学生和进修医技师数十人。连续两届为中国妇幼保健协会临床诊断与实验医学分会副主任委员单位，中国医疗保健国际交流促进会基层检验技术标准化分会、北京医学会检验分会、北京中西医结合学会检验医学等多个专委会常委单位。专业团队已具备较好的科研基础和解决临床疑难复杂问题能力，为培养和教学检验医学后备人才提供高质量的师资力量，同时为拓宽服务能力提供强有力的科技支撑和保障。

临床检验中心所在医技团支部曾获“北京市青年文明号”、“北京市医管局级青年文明号”、北京市卫生健康委员会“五四红旗”团支部，科室获所级“先进集体”、优秀基层党组织、“接诉即办”优秀集体奖。团队个人有获“医管局”优秀共产党员、“市级”优秀团员和抗击新冠疫情先进个人奖；院级优秀党务工作者、优秀党员、优秀共青团员、抗击新冠肺炎疫情先进个人，中国医师节“优秀医师奖”、“实干敬业奖”，“青年榜样”，青年教师教学基本功讲课比赛“优秀奖”、“病例汇报”比赛一等奖以及“蒲公英活动”科普个人奖。

临床检验中心将秉承着科学、严谨、准确、求实、高效的质量方针，不断完善自我，为儿童的健康事业奉献医者的力量。