1984年检验科与首都儿科研究所附属儿童医院一同成立；2014年成立临床检验中心，包括临床检验科、委托实验室，是集科研、教学和临床于一身的综合临床型检验医学专科。检验中心专业涉及生化、免疫、临检、微生物、分子五大基础专业和细胞形态学、流式细胞学、蛋白质谱学、代谢组学等亚专业学科，承担300余项检验项目，现有检验、科研、医疗技术人员70余人，临床检验科人员学历层次和专业技术梯队建设完善，有4名检验医师，与临床的交流和沟通及时到位。临床检验中心于2010年10月通过中国合格评定国家认可委员（CNAS）ISO15189初评审，成为全国儿童医院专科医院中最先被认可的4家医学实验室之一。