1984年检验科与首都儿科研究所附属儿童医院一同成立；2014年成立临床检验中心，包括临床检验科、科研实验中心和委托实验室，是集科研、教学和临床于一身的综合临床型检验中心。检验中心三大部门涉及生化、免疫、临检、微生物四大基础专业和细胞学、血清学、分子学、遗传学、病毒学、代谢组学等十余个亚专业学科，承担约500余项检验项目。现有检验、科研、医疗技术人员100余人，高级职称、学历人才占比突出。临床检验科于2010年10月通过中国合格评定国家认可委员（CNAS）ISO15189初评审，成为全国儿童医院专科医院中最先被认可的4家医学实验室之一。2011年新任的科主任是来自临床心血管内科专业的医生，2018年获北京市科委硕士生导师资格。临床检验科人员学历层次和专业技术梯队建设完善，有4名检验医师，与临床的交流和沟通及时到位。