现代小儿外科的消化道手术（包括腹腔镜、机器人）已经做到了微创，但都是要通过胸壁和/或腹壁，并且要进入无菌的胸腔和/或腹腔。从而，可能会留下终身的手术瘢痕，或者引发胸腹腔的感染。小儿外科内镜手术是通过胃、肠镜在消化道内操作或手术，去除消化道内的病变。如：新生儿期的内镜下结肠内置管减压引流防治巨结肠危象，婴幼儿的内镜下治疗十二指肠膜式狭窄，双镜联合治疗肛门闭锁伴直肠尿道瘘，等等。都是首都儿科研究所普外科开展的独创的和最新的微创无痕手术。不仅损伤小、恢复快，而且患儿无疼痛、体表无伤口、住院周期短。目前，国内的很多儿童医院外科还达不到这些技术水平。
科室将科研成果与临床治疗紧密结合，提出了一系列新理论和治疗方法，在胆道疾病、巨结肠肠炎、肛门疾病、门脉高压、巨大肝肿瘤、神经母细胞瘤、肠重复畸形等疾病的病因、病理及治疗改进方法等研究成绩显著。擅长治疗小儿外科疑难复杂疾病，创新性开展了一系列微创治疗小儿外科疾病的新技术，为国内外同行认可和采用。在国内率先开展经单孔腹腔镜治疗胆总管囊肿、新生儿一期肛门闭锁成型术等。
1） 创建微创治疗体系：在国内率先开展的腔镜治疗消化道畸形新技术，占我国目前开展小儿腔镜88种术式中的56种（63.6%）。该体系有效地解决了传统手术创伤大、致死率高，并发症高等难题，为消化道畸形治疗开创了崭新局面，使腔镜成为常规技术。
2） 肛肠畸形手术创新：首次发现肠壁的双重血运现象及肠重复畸形的血运分型，发明了单纯切除重复肠管新术式。率先探索出腹腔镜治疗肛门闭锁新技术，使总并发症由传统手术的30%降到10%，排便控制优良率77.5%提高到93.3%；首次发明单切口腹腔镜肛门成形术，实现微创治疗最高水平。
3） 肝胆畸形手术创新：首次发现胆总管囊肿十二指肠乳头向远端异位改变的特点，提出肝憩室异位病因新学说；率先提出临床简化分型及相应的治疗策略，提高诊治水平；率先提出短空肠胆支（15-20cm）肝管空肠吻合技术；率先探索出腹腔镜治疗胆总管囊肿的技术体系，手术数居世界首位。首次发明胆囊结肠Y形吻合术治疗胆汁淤积性肝病，提出非肝移植治疗新途径。
4）门静脉高压手术创新：在国内首次将Rex手术用于小儿肝外门脉高压的治疗，避免了肝移植的风险。并在此基础上，创新性提成胃冠状静脉-门静脉左支分流术和门静脉血管间置的门静脉主干-门静脉左支分流术，避免了传统Rex手术的弊端，使手术成功率提高到90%以上，显著提高了患儿预后。迄今为止，开展Rex手术200余例，是全世界开展该技术最多的中心之一。使中国小儿门脉高压治疗水平位于世界领先水平，使广大肝外门脉高压患儿受益。
 5）新生儿转运救治中心，危重先天性膈疝救治中心：自90年代末起在全国率先提出了危重新生儿转运的概念，转运北京和河北的各种复杂疑难危重新生儿。尤其治疗危重新生儿膈疝患儿技术领先，高效安全转运、抢救、监护、手术成功率高，达国内领先水平。