2015年新生儿内科开展危重新生儿转运，2016年首都儿科研究所附属儿童医院成为朝阳区危重新生儿转运单位，2017年成为北京市危重新生儿转运单位，承担了朝阳区、通州区危重新生儿转运工作。新生儿内科设有24小时转运电话，配备了专业的转运团队，应用先进的转运车辆、转运设备对区域内危重新生儿进行及时转运，使其得到及时有效的救治。