首都儿科研究所是新中国第一家儿科医学研究所，前身是中国医学科学院儿科研究所，成立于1958年。1983年归属北京市卫生局，正式更名为首都儿科研究所。1986年首都儿科研究所附属儿童医院正式成立，2021年首都儿科研究所通州院区动工建设，预计2027年投入使用。首都儿科研究所是国务院学位办批准的临床医学一级学科硕士学位授权点，是北京协和医学院儿科学博士、硕士学位授权点，是北京大学医学部博士、硕士培养点。2014年，首都儿科研究所附属儿童医院成为第一批国家住院医师规范化培训基地，现有儿科及儿外科2个专业基地。2018年，获得第二批国家试点专科培训基地，现有新生儿围产期医学及小儿麻醉学专科培训基地。宋庆龄儿科医学奖评奖办公室设立在首都儿科研究所，负责宋庆龄儿科医学奖的申报评审等工作。