2013年研究所在原临床中心实验室、中心仪器室等科室基础上，成立研究所实验中心。第一任主任为原研究所副所长张霆研究员，现任负责人为崔小岱研究员，有近20名科研及实验技术人员。

研究所实验中心致力于科研服务工作，以研究所仪器设备及技术力量为支撑，有效整合资源，合理配置必备的仪器、设备及设施，建立了为全所乃至对所外开放的科研实验技术及设备服务平台，主要包括：遗传分析技术平台、蛋白质分析技术平台、生物大分子相互作用技术平台、分子细胞标志物分析平台、微生物免疫分析平台、儿童病理生理分析平台、生化分析与生物标本保存平台及常用科研设备平台等。在基因分析、蛋白分析、分子结构及相互作用分析、细胞标志分析等领域为所院重大课题提供技术支撑。

实验中心采用“开放、流动、服务、合作”的运行机制，做到统一、规范管理，盘活资源，实现科技设备资源使用共享并使效益最大化，提高实验技术服务的能力。加强交流与合作，积极探索与其他高水平科研院所实施实验平台共享的合作机制。为临床专家的科研课题提供实验条件的保证，包括实验技术和科研标本的服务以及临床研究生实验研究的培养，作为从科研到临床的桥梁，推动科研与临床的结合。

开展多项临床检测服务，特别是在微生物学、免疫学及分子生物学等领域，为研究所附属医院儿童疾病诊断提供特色服务，项目检测水平居国内一流。