首都儿科研究所实验中心于2013年在研究所原临床中心实验室、中心仪器室等科室基础上成立。作为首都儿科研究所重点发展的综合性科室，实验中心以科学研究为核心任务，同时承载科研服务、教学培训、临床检验等多种职责。实验中心面向全所全院提供公共实验室、公共仪器平台及生物样本库服务，同时承担公共平台的综合管理，以满足科研和临床工作的多元化需求。实验中心始终秉承开放共享、合作共赢的原则，致力于为全所全院提供高质量的科研服务，推动首都儿科研究所及附属儿童医院实现高质量发展。

实验中心现有工作人员17人，其中科研高级职称6人，卫生检验高级职称3人。承担了多项国家级和省部级科研项目，包括国家自然科学基金项目、国家重点研发计划、北京市自然科学基金、北京市科技新星项目、重点人才培养项目等，以及20余项GCP课题；近三年，在Signal Transduction and Targeted Therapy（影响因子为39.3）等知名期刊上发表高水平的SCI论文50余篇，核心期刊论文10余篇；并积极推动科研成果的转化，致力为临床诊疗提供更优质、精准的服务。

实验中心依托研究所的仪器设备和技术力量，整合资源，合理配置了必要的仪器、设备和设施，建立了科研实验技术和设备服务平台。平台集中管理120余台重要设备，总价值超过5000万元，其中价值50万元以上的设备超过40台，为所院科研项目和研究生培养提供了实验平台和技术支撑。

实验中心开展了百余项特色临床检测服务，尤其在微生物学、免疫学和分子生物学等领域，为首都儿科研究所附属儿童医院的疾病诊断提供了特色支持，检测水平居国内领先地位。