首都儿科研究所附属儿童医院普通(新生儿)外科是国家重点专科，国家“十一五”科技支撑计划课题和国家卫计委卫生行业专项课题先天重大畸形治疗技术科技攻关牵头单位，全国小儿微创外科治疗中心和疑难危重患儿治疗中心。医生35人，护士68名，包括主任医师8人，副主任医师8人，主治医师10名，住院医师9名。学历构成：博士11名，硕士15名。博士生导师3名，硕士生导师1名，组成了良好的专业梯队。科室主任李龙教授担任中华医学会小儿外科分会副主任委员、国际小儿外科腔镜协会亚洲区主席，亚洲小儿外科协会理事，世界小儿外科联盟理事。

普通(新生儿)外科设有专业门诊、普外病房、新生儿病房、新生儿重症监护室和普外重症监护室。分为肝胆、肛肠、胃食管、内镜、新生儿、急诊、重症监护室七个亚专业治疗组。

病房开放床位80张，年手术量3500余例，年出院患儿4500人余次。擅长治疗小儿外科疑难复杂疾病，在治疗先天性肛门闭锁、巨结肠、胆总管囊肿、胆道闭锁、巨大肝肿瘤、神经母细胞瘤、门静脉海绵样变、食管裂孔疝、先天性膈疝、食管闭锁、食管狭窄等有独到之处。

科室将科研成果与临床治疗紧密结合，提出了一系列新理论和治疗方法，在肠重复畸形、巨结肠肠炎、肛门疾病、胆道疾病、门脉高压等疾病的病因、病理及治疗改进方法等研究成绩显著。创新性开展了一系列微创治疗小儿外科疾病的新技术，为国内外同行认可和采用。在国内率先开展经单孔腹腔镜治疗胆总管囊肿、新生儿一期肛门闭锁成型术等。

承担北京大学医学部以及协和医学院教学工作，是北京市住院医师规范化培训基地。将腹腔镜技术推广到国内150多所小儿外科中心，培训医生2500多名。每年举办国家级继续教育项目全国微创外科论坛及出生缺陷论坛年会。近十年来，团队承担国家十一五课题、卫健委行业专项重大课题、国自然课题、北京扬帆计划重点学科、北京首都发展课题、北京市协同项目课题等多项课题，获得过国家科技进步二等奖、中国医院协会科技创新二等奖、中国出生缺陷干预救助基金会科技成果奖、华夏医学科技奖二等奖、北京市科技进步二等奖、北京市科技进步三等奖2项、茅以升北京青年科技奖、第十五届吴阶平-保罗、杨森医学药学奖、宋庆龄儿科医学奖2项、“敬佑生命，荣耀医者”金柳叶刀奖，金牌团队奖，北京市级第七届首都十大健康卫士提名奖等。